İstanbul Aydın Üniversitesi Genel Sekreterliği; Genel Sekreter, Genel Sekreter Yardımcısı ve bağlı idari birimlerden oluşan, üniversitenin idari işleyişini düzenleyen ve Rektörlüğe bağlı olarak faaliyet gösteren merkezi bir yapılanmadır. Üniversite bünyesindeki idari birimlerin koordineli olarak, mevzuata uygun biçimde çalışmasını sağlar. 

2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile ilgili mevzuat çerçevesinde görev yapan Genel Sekreterlik, üniversitenin idari teşkilatının yönetiminden sorumlu olup, bu görevlerini kendisine bağlı birimler aracılığıyla Rektöre karşı sorumluluk bilinciyle yerine getirir.