​Bu programın temel amacı; ilacın araştırma ve geliştirme aşamalarından başlayarak üretimi, ruhsatlandırılması, dağıtımı ve doğru kullanımının izlenmesine kadar uzanan tüm süreçlerde görev ve sorumluluk üstlenebilecek, mesleki yetkinliği yüksek eczacılar yetiştirmektir. Bu doğrultuda, lisans ve lisansüstü eğitim programlarının niteliğinin sürekli olarak geliştirilmesi ve uluslararası standartlarda sürdürülmesi hedeflenmektedir. Nitelikli ve özgün araştırmalar üretilerek bilimsel alanda söz sahibi, güçlü akademisyenlerin yetiştirilmesi ve bu sayede kurumun uluslararası tanınırlığının artırılması amaçlanmaktadır. Üniversite–sanayi–kamu iş birliklerinin güçlendirilmesi ve sosyal sorumluluk projeleri ile toplumsal sorunlara çözüm odaklı yaklaşımların geliştirilmesi yoluyla üniversite–toplum bütünleşmesinin sağlanması da temel amaçlar arasında yer almaktadır.

Bu amaçlar doğrultusunda; edindiği bilgi ve becerileri toplum yararına kullanabilen yetkin eczacıların yetiştirilmesi, öğrencilerin ulusal ve uluslararası değişim ve destek programlarından yararlanma imkânlarının artırılması hedeflenmektedir. Üniversite bünyesindeki hastanelerde klinik eczacılık eğitim programlarının oluşturulması ve son sınıf öğrencilerinin kariyer hedefleri doğrultusunda eczane eczacılığı, hastane eczacılığı, klinik eczacılık veya endüstri eczacılığı alanlarından birine yönlendirilmeleri planlanmaktadır.

Ayrıca, ulusal ve uluslararası kongrelerin düzenlenmesi ve bu etkinliklerin sürdürülebilirliğinin sağlanması, çok disiplinli ve uluslararası katılımlı çalışmalarla ulusal ve uluslararası atıf indekslerinde yer alan dergilerde yayın sayısının artırılması hedeflenmektedir. Araştırma altyapısının sürekli olarak iyileştirilmesi, üniversite ve dış kaynaklı projelerin geliştirilmesi ve desteklenmesi de öncelikler arasında yer almaktadır. Bunun yanı sıra, eczane eczacıları, kamu kurum ve kuruluşları ile ilaç sanayi çalışanlarına yönelik meslek içi eğitim programlarının düzenlenmesi ve sağlık alanında toplumun her kesimine ulaşacak bilgilendirme faaliyetlerinin yürütülmesi amaçlanmaktadır. İlaç sektörü ile iş birliklerinin geliştirilmesi, sektöre danışmanlık hizmetleri sunulması ve Türk ilaç sektörünün jenerik ürün üretiminden orijinal ürün üretimine geçiş sürecine bilimsel katkı sağlanması da programın temel hedefleri arasında bulunmaktadır.